En 32 Av.BY, alors qu'ils forment une organisation centralisée indispensable à la République, les Jedi découvrent l'existence de seigneurs Sith lors des événements qui accompagnèrent le blocus de Naboo.
Plus tard, les Sith dirigent un mouvement séparatiste au sein de la République. La guerre qui s'en suit conduit les Jedi à prendre une part plus active au sein de la République, en agissant comme soldats pour le compte du sénat galactique. La guerre des clones, comme on l'a appelée, se terminera pourtant par la destruction de l'Ordre et la création d'un empire galactique par le seigneur Sith Darth Sidious. Seuls deux Maîtres Jedi semblent avoir survécut, donnant peu de chances de survie à l'Ordre.
Les deux Jedi restants, Yoda et Obi-Wan Kenobi mettent leurs espoirs en les deux nouveaux-nés d' Anakin Skywalker, Luke et Leïa, pour vaincre l'Empire et restaurer l'Ordre. La bataille de Yavin, quelques 20 années plus tard, semble leur donner finalement raison: si les dispositions supposées de Leïa pour la Force ne semblent être pour rien dans sa position au sein de la rébellion contre l'Empire, Luke, au contraire, commence à la maîtriser. Progressivement, avec l'aide de Yoda, celui-ci apprend à utiliser son pouvoir et devient Chevalier Jedi (on peut remarquer que son temps de formation est extrêmement court par rapport à celui des Jedi de l'ancienne république ; il est vrai que la situation est exceptionnelle).
Avec la fin de l'Empire, Luke Skywalker semble être le seul Chevalier Jedi restant. D'après les romans de Star Wars, Luke restaure ensuite l'Ordre Jedi.
