La historia inicia con Sakura que es una niña de 10 años, vive con su padre y con Touya su hermano mayor. Cierto día después de la escuela escucha un ruido raro del zótano de su casa, Sakura muy asustada entra y se encuentra un extraño libro, al abrirlo se encuentra con una cartas y al mencionar el nombre de una de inmediato se produce un viento que ocasiona que el resto de las cartas vuelen. En seguida a parece el guardián de las cartas, este tiene la apariencia de un leoncito de peluche este ele explica que ella liberó las cartas Clow y que debería de reunirlas y convertirse en una Card Captor de no ser así cosas graves sucederían en la Tierra.

Tiempo después hace su aparición Shaoran Li de quien también desea capturar las cartas y la serie se va tornando más divertida con la llegada de Meilin Li quien tiene cierte rivalidad con Sakura. Esta temporada finaliza cuando Sakura captura la carta Fuego.

Esta segunda parte se basa mas que nada en la misteriosa Kaho Mizuki y el juicio final. Después de que Melin regresa a Hong Kong, Sakura captura la última carta y con esto Kero recupera sus poderes y su forma original también se descubre la verdadera identidad de Yukito como Yue el otro guardián del libro Clow. Al final de esta temporada Sakura supera el juicio de Yue y se convierte en la nueva dueña de las Cartas.

Sakura aprende a transformar las Cartas Clow en Cartas Sakura, esto por que aun siguen sucediendo cosas extrañas en la ciudad desde la llegada de un nuevo alumno proveniente de Inglaterra su nombre Eriol quien es muy misterioso y sabe mucho sobre el secreto de Sakura...Las Cartas Clow.

En esta etapa final se descubren muchas cosas una de ellas es que Eriol es la reencarnación del mago Clow el creador de las cartas y que su objetivo era que Sakura transformara todas las Cartas Clow en Cartas Sakura. Y la favorita de muchos cuando Li le dice a Sakura que la quiere.